An der wieder aufgebauten Frauenkirche ist das Schicksal ihrer Zerstörung weiter ablesbar geblieben. Die dunkle Färbung der alten Fassadensteine und die Maßdifferenzen in den Anschlussbereichen zwischen altem und neuem Mauerwerk erinnern an Narben einer geheilten Wunde. Sie versinnbildlichen die Botschaft der wiederaufgebauten Frauenkirche, die eng verknüpft ist mit ihrer Geschichte. Als Ort der Erinnerung mahnt die Frauenkirche an Zerstörung und Leid, die der Krieg bringt. Als Ort der Hoffnung erinnert sie daran, dass Wunden heilen können und Versöhnung möglich ist.

Bei der archäologischen Enttrümmerung wurde mit Erstaunen und Freude festgestellt, dass große Teile des Altars weitgehend erhalten geblieben waren: Der Altartisch, die Säulen mit Kapitellen und Teile des Hintergrunds kamen unter den Trümmern hervor. Ca. 2000 Einzelteile des zerstörten Altars konnten geborgen und identifiziert werden. In mühevoller Kleinarbeit wurden die einzelnen Trümmerteile zugeordnet und der archäologischen Rekonstruktion eingefügt. Die geborgenen Fundstücke wurden skizziert, an ihnen wurden Farbuntersuchungen vorgenommen, und sie wurden durch Restauratoren zugeordnet. Annähernd achtzig Prozent historische Substanz sind erhalten. Fehlende Teile wurden mit Steinersatzmasse ergänzt. Neu geschaffen wurden beispielsweise der Engel aus Gips über dem betenden Christus und die Gloriole. In der Farbfassung des Altars wurde darauf geachtet, dass die ursprüngliche Botschaft wieder ablesbar wird, dass die aufmerksamen Betrachter aber zugleich auch die Spuren des Schicksals erkennen, das dieser Altar mit der gesamten Frauenkirche geteilt hat.

Die nordwestliche Kapelle der Unterkirche weist am deutlichsten auf das Schicksal der Kriegszerstörungen hin. Wunden bleiben hier ungeheilt und wurden von dem Künstler Michael Schoenholtz durch plastische Elemente hervorgehoben. Eine reliefartige Gestaltung schließt die dem Eingang gegenüberliegende Öffnung. Die dabei ausgesparte, quasi herausgebrochene Kreuzform findet sich in den Boden eingelassen wieder. Das aus dem Gesamtorganismus herausgebrochene Kreuz wirkt hier wie eine Art Grabplatte, um im zentralen Raum als das über dem Altar schwebende Kreuz wieder neu aufgerichtet zu werden.

Beim Einsturz der Frauenkirche am Vormittag des 15. Februar 1945 stürzte das alte Turmkreuz aus einer Höhe von ca. 90 Metern herab und lag dann jahrzehntelang unter den Trümmern. Groß waren Freude und Dankbarkeit, als es 1993 im Zuge der archäologischen Enttrümmerung geborgen werden konnte – deformiert aber nicht zerstört. Durch seine Aufstellung im Kirchraum soll es eine bleibende Mahnung sein. Die Besucher der Frauenkirche Sie sind eingeladen, ein Gebetsanliegen in das beiliegende Buch zu schreiben und dafür neben dem Kreuz ein Licht aufzustellen.