Jeder, der mit Bauklötzen gespielt hat, kennt die Technik: Bausteine müssen versetzt angeordnet werden, um ein stabiles Bauwerk zu errichten. Auf der richtigen Baustelle ist es nicht anders. Die Hochbauplanung gibt den Bauleuten genau vor, wie sehr die Steine an der jeweiligen Stelle verzahnt sein müssen, um eine tragfähige Konstruktion zu schaffen. Außerdem muss die Fugendicke und die Mörtelqualität festgelegt und eingehalten werden. Besonders anspruchsvoll war dies bei der Frauenkirche bei den Pfeilern, der Kuppel und anderen gewölbten Bereichen sowie beim Ineinandergreifen von alten und neuen Steinen.

Um gleichmäßige Fugen zu erzeugen, wurden die Werksteine zunächst auf schmale Abstandsplättchen aus Blei versetzt. Diese hatten exakt die Höhe der geforderten Fuge, i.d.R. 6 mm. Zwischen der unteren und der oberen Steinreihe entstand so ein Zwischenraum, der mit flüssigem Mörtel verschlossen wurde. Für die Frauenkirche wurde speziell dafür ein „Vergussmörtel für dünne Fugen“ entwickelt. Damit der Mörtel nicht am anderen Ende wieder austrat, wurde die Fuge dort mit einem Hanfseil verschlossen. Nach dem Aushärten wurde es wieder entfernt und die Fuge nachträglich mit Fugenmörtel verschlossen.

Besonderes Augenmerk wurde auf die acht Innenpfeiler gelegt. Bähr wusste, dass diese Pfeiler in seinem Tragekonzept eine entscheidende Bedeutung hatten. Allerdings musste er – in Ermangelung wissenschaftlicher Erkenntnisse – die Kraftflüsse intuitiv abschätzen. Gemessen an den Voraussetzungen waren seine Annahmen bemerkenswert zutreffend, aber eben nicht absolut korrekt. Die Kraftflüsse verliefen z. T. anders als geplant. Außerdem waren die Methoden zur Materialprüfung bei Weitem nicht so ausgereift wie heute, sodass auch weniger geeignete Sandsteinblöcke verbaut wurden. Schließlich konnten die Blöcke zu Bährs Zeiten nicht mit der heutigen Präzision versetzt werden. Aus diesen Gründen kam es leider zu schwerwiegenden Bauschäden, die sich bspw. an Rissen in den Pfeilern bemerkbar machten.

Diese Fehler galt es beim Wiederaufbau zu vermeiden. Aufwändige Berechnungen zum Tragkonzept wurden angestellt, um bei der Tragwerksplanung den Lastfluss zu korrigieren. Die Pfeiler wurden nur mit hochwertigsten Sandsteinblöcken gebaut, deren Festigkeit überprüft worden war und deren Zuschnitt Toleranzen von
1,5 mm (!) nicht überschreiten durfte. Die Aufstandsflächen der Pfeiler wurden verbreitert und weniger (dafür größere) Einzelsteine pro Schicht verbaut, um die Fugenzahl zu verringern. Schließlich wurde sehr genau auf die Einhaltung der Fugendicke und die Mörtelqualität geachtet, sodass in der Summe die Tragfähigkeit des Pfeilermauerwerks verdoppelt werden konnte.