Als Sinnbild für den protestantischen Kirchenbau ist die Frauenkirche geradezu prädestiniert für eine intensive Pflege der Kirchenmusik. Damals wie heute ist sie wesentlicher Bestandteil des Lebens in der Frauenkirche. Die Architektur der Frauenkirche – Orgel zentral über dem Altar – weist in eindrücklicher Weise auf das protestantische Verständnis von Kirchenmusik hin: Musik als Verkündigung und Anbetung.

In der Nutzung der wieder aufgebauten Frauenkirche sollen ihrer historischen Funktion als Gotteshaus entsprechend, gottesdienstliche und kirchenmusikalische Veranstaltungen im Vordergrund stehen. Dabei wird ureigenste protestantische Kirchenmusik zur Aufführung gebracht: Neben der Musik Johann Sebastian Bachs werden auch die Werke des früheren Kreuzkantors und Frauenkirchenorganisten Gottfried August Homilius und anderer barocker Meister die Gottesdienste, Geistliche Sonntagsmusiken und Orgelkonzerte bereichern.

Zentrum der kirchenmusikalischen Arbeit an der Frauenkirche ist die Gestaltung der Gottesdienste um 11 und 18 Uhr. Der vormittägliche Gottesdienst erhält sein Gepräge durch eine in lutherischer Tradition stehende Gestaltung. Neben Orgelmusik prägt Vokal- und Instrumentalmusik diesen Gottesdienst. Die Abendgottesdienste sind liturgisch offener gestaltet. Dem entspricht eine stärker thematisch als kirchenjahreszeitlich bezogene Musik in großer stilistischer Vielfalt, bei der bekannte Orgelwerke und auch Orgelimprovisationen zu hören sind.

Die Gottesdienste werden durch die Chöre der Frauenkirche und gastierende Vokalensembles unter der Leitung des Frauenkirchenkantors gestaltet. Gemeinsam bringen sie insbesondere Werke Bachs und Kompositionen Dresdner Musiker zum Erklingen.

Wenn die Einladung zur gemeinsamen Andacht ausgesprochen ist und die Glocken verstummmt sind, eröffnet der Klang der beeindruckenden Kern-Orgel die Orgelandachten der Frauenkirche. Zwei weitere Male wird er während der zwanzigminütigen Andacht den barocken Kirchraum erfüllen und damit den besonderen Rahmen setzen.

Die Musiker der Frauenkirche sowie ausgewählte Gastorganisten gestalten den musikalischen Teil der Andachten, die werktags 12 Uhr und montags bis mittwochs sowie freitags auch 18 Uhr angeboten werden. Aus dem reichen Schatz der Orgelliteratur wählen sie dem Kirchenjahr entsprechend passende Werke aus.