Zentrum der kirchenmusikalischen Arbeit an der Frauenkirche ist die Gestaltung der Gottesdienste um 11 und 18 Uhr. Der vormittägliche Gottesdienst erhält sein Gepräge durch eine in lutherischer Tradition stehende Gestaltung. Neben hervorragender Orgelmusik soll besonders Vokalmusik diesen Gottesdienst prägen. Die Abendgottesdienste sind liturgisch offener gestaltet. Dem entspricht eine stärker thematisch als kirchenjahreszeitlich bezogene – überwiegend instrumentale – Musik in großer stilistischer Vielfalt.

Die Gottesdienste werden durch die Chöre der Frauenkirche und gastierende Vokalensembles unter der Leitung des Frauenkirchenkantors gestaltet. Gemeinsam bringen sie insbesondere Werke Bachs und Kompositionen Dresdner Musiker zum Erklingen.