Der Stiftungsrat überwacht die Tätigkeit der Stiftung. Er hat eine einem Aufsichtsrat vergleichbare Funktion. Bei grundlegenden Entscheidungen ist seine Zustimmung erforderlich. So verabschiedet er die Leitlinien zur Umsetzung des Stiftungszweckes, überwacht die Geschäftsführung beispielsweise bei der Aufstellung des Haushalts oder der Durchführung wichtiger Personalmaßnahmen. Der Stiftungsrat besteht aus drei von den Stiftern (Evangelisch-Lutherische Landeskirche Sachsens, Freistaat Sachsen, Stadt Dresden) und drei vom Kuratorium entsandten Mitgliedern. Der Vorsitzende des Stiftungsrates wird aus diesen gewählt.

Mitglieder des Stiftungsrats sind:

Dr. h.c. Bernhard Walter 
Vorsitzender des Stiftungsrates

Dr. h.c. Steffen Heitmann
Stellvertretender Vorsitzender des Stiftungsrates

Dr.-Ing. E. h. Eberhard Burger
Kirchbaurat i. R.

Prof. Ludwig Güttler
Vorsitzender des Vorstands Gesellschaft zur Förderung der Frauenkirche Dresden e. V.

Klaus Schurig
Oberlandeskirchenrat

Hartmut Vorjohann
Beigeordneter für Finanzen und Liegenschaften der Landeshauptstadt Dresden