Es ist nicht abschließend geklärt, was für einen Taufstein es ursprünglich in der Frauenkirche gab. Sicher ist jedoch, dass Ende des 19. Jahrhunderts ein Taufstein in Auftrag gegeben wurde, der auch auf alten Innenraumaufnahmen der Kirche zu sehen ist. Dieser von Kirchenbaurat Möckel geschaffene Stein wurde aber beim Einsturz der Kirche fast vollständig zerstört.

Beim Wiederaufbau, der sich ja an den baulichen und gestalterischen Ideen George Bährs orientierte, entschied man sich gegen eine Rekonstruktion dieses später ergänzten Taufsteins. Vielmehr sollte ein Taufstein gesucht werden, der aus der Zeit Bährs stammt, derzeit aber nicht verwendet wird. Im Bergbaumuseum Freiberg wurde man fündig. Dort befand sich der Taufstein der alten Freiberger Nikolaikirche. Dieser war vom Bildhauer Johann Gottfried Stecher geschaffen und 1754 geweiht worden. Der bis auf den aufwändig gestalteten Deckel eher schlichte, da ohne figürlichen Schmuck auskommende Stein schmückt nunmehr seit 2005 den Altarraum der Frauenkirche.