Die Krypta der Frauenkirche diente im 18. Jahrhundert als Begräbnisstätte. Bestattet wurden hier unter anderem der Komponist Heinrich Schütz und der Baumeister der Frauenkirche, George Bähr. Bei der Zerstörung der Kirche blieb jedoch nur eine Grabkammer unversehrt. In ihr ist auch die Aufstellung der Särge in den gemauerten Grabstellen weitgehend erhalten. Doch obwohl der überwiegende Teil der Unterkirche beim Wiederaufbau wieder neu gewölbt werden musste, bleibt auch das Schicksal der Zerstörung insgesamt unverkennbar.

Zwischen 1996 und 2005 diente die Unterkirche als Kirchraum. Hier fanden Gottesdienste, Andachten und ökumenische Abendgebete statt. Auch Konzerte und Kirchenführungen konnten die Menschen in der Zeit des Wiederaufbaus der Frauenkirche hier erleben. Augenfällig war und ist der monumentale Altarstein. Dieser wurde von dem in Indien geborenen jüdischen Künstler Anish Kapoor aus schwarzem irischem Kalkstein gefertigt.

Die Tradition der Abendgebete und der künstlerischen Nutzung der Unterkirche lebt weiterhin fort. Davon abgesehen ist die Unterkirche allerdings zum Ort der Stille, der persönlichen Andacht und des Gebets geworden. Dazu wurden die fünf Kapellen vom Berliner Bildhauer Michael Schoenholtz künstlerisch gestaltet und thematisieren auf vielfältige Weise Zerstörung und Neubeginn.